A pesar de estar siendo un éxito, Super Mario Run ha tenido una serie de fallos en su versión 1.0.0.979 que consisten en el cierre automático de la aplicación cuando la misma no puede encontrar amigos dentro de la lista de Facebook.
Aunque de primeras puede ser un error bastante importante, los jugadores no deben preocuparse ya que Nintendo ha aclarado el asunto y ha comentado que intentarán arreglarlo lo antes posible con una actualización. Además, ha pedido perdón a todos los jugadores que han sido afectados por este fallo.
La incógnita respecto a este asunto es la posibilidad de que este hecho vuelva a ocurrir cuando la aplicación sea lanzada en Android, ya que si se vuelve a repetir sería un gran varapalo para la propia empresa.
A pesar de este suceso, Nintendo suele aprender de las situaciones y casi seguro el juego correrá con normalidad en la futura versión de Android.